Paired-related_HD_factors_5_merged

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Position	A	C	G	T
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2	0.025	0.367	0.013	0.596
3	0.01	0.09	0.0	0.9
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5	0.98	0.0	0.01	0.01
6	0.01	0.01	0.0	0.98
7	0.003	0.007	0.005	0.985
8	0.9	0.0	0.09	0.01
9	0.596	0.013	0.367	0.025
10	0.162	0.262	0.132	0.442
11	0.188	0.143	0.412	0.258
12	0.09	0.532	0.265	0.112
13	0.237	0.142	0.42	0.202

Motif Name	Full Motif Name	PWM
Arx	Arx	Download
Alx1	Alx1	Download
Alx4	Alx4	Download

	Alx1	Alx4	Arx	Hoxd3	Hoxb5	Hoxd8	Lhx3	PHOX2A	POU4F1	Hmx1
Alx1	100	98	90	82	81	78	75	68	67	67
Alx4	98	100	90	81	79	78	82	69	66	66
Arx	90	90	100	84	81	82	83	70	60	70
Hoxd3	82	81	84	100	95	66	73	24	56	65
Hoxb5	81	79	81	95	100	23	65	71	35	59
Hoxd8	78	78	82	66	23	100	71	-2	50	76
Lhx3	75	82	83	73	65	71	100	-2	57	67
PHOX2A	68	69	70	24	71	-2	-2	100	14	10
POU4F1	67	66	60	56	35	50	57	14	100	37
Hmx1	67	66	70	65	59	76	67	10	37	100